０１．始まりは気づかぬうちに・・・
０２．砂塵に潜む闇
０３．コードネーム「ライア」
０４．実験動物掃討作戦
０５．ＳＥＥＤウィルス
０６．星霊祭
０７．モトゥブ壊滅
０８．イルミナスの野望（前）〜ホルテスシティ防衛戦〜
０９．イルミナスの野望（中）〜宇宙船ドック攻防戦〜
１０．イルミナスの野望（後）〜闇が深くなるのは…〜
幕間劇
１１．闇の中の希望
１２．守護者再起
１３．闇を斬り裂く剣
１４．守りたい場所、いたい場所
１５．暗黒惑星からの手土産
１６．同盟軍本部奪還作戦
１７．イルミナスの滅んだ日
１８．ハビラオに舞う光
１９．次の世代の為に…
２０．Unbreakable Heart〜フォトンの渦の中で〜